Dans le cadre de ses missions, l'EID était membre de structures dont une partie des archives ont été conservées dans ses locaux, alors même qu'elles ont disparu. Ces organismes partenaires sont : 

- Le Centre d'études pour la protection du littoral (CEPREL), créé en 1987, pour une durée de dix ans, ayant pour mission d'assurer la protection, la restauration et la gestion de l'espace littoral. Le CEPREL était un groupement d'intérêt économique (GIE) constitué entre l'IARE et l'EID à l'initiative du Conseil Général de l'Hérault. Il intervenait plus spécifiquement dans la lutte contre la dégradation des dunes et des plages à travers la réalisation d'études et de travaux légers de restauration, et à la demande des collectivités locales ou des gestionnaires d'aménagements littoraux. Il constituait à la fois un bureau d'étude, une équipe opérationnelle capable de réaliser tous types d'ouvrages légers, et un potentiel de recherche important. Son siège opérationnel se trouvait ainsi à l'EID qui participait à son action humainement et matériellement. Sa disparition en 1997 aboutit cependant à la mise en place par l'EID d'un service spécifique chargé du littoral.

- La Commission scientifique régionale sur les étangs du Languedoc-Roussillon (COSEL) créé en 1985,  ayant pour mission de "favoriser la concertation entre les différents partenaires pout toute action de recherche scientifique et technique, pour tous avis au conseil se rapportant aux étangs du Languedoc Roussillon, ainsi qu'à leurs marges." Elle fut dissoute en 2005.

- L'Institut des aménagements régionaux et de l'environnement (IARE) créé en 1977. Cette association loi 1901 avait pour mission d'apporter au maitres d'ouvrage et aux gestionnaires un aide à la décision en matière d'aménagement de l'espace et de gestion de l'environnement. Son rôle était de réaliser des études et des expertises ; d'assurer un rôle de conseil, de médiation et de concertation en matière de planification stratégique environnementale ; et d'aider les maitres d'ouvrages à réaliser des projets intégrés permettant le respect de l'environnement et la préservation du patrimoine naturel. L'association a été dissoute en 1999.

versement

Les archives des organismes partenaires sont des archives de structures auxquelles l'EID participaient. Elles sont classées en 3 parties.

- Centre d'études pour la protection du littoral (CEPREL) : réunit une partie des archives relatives à son organisation, son fonctionnement et ses missions. Le CEPREL était un groupement d'intérêt économique (GIE) constitué entre l'IARE et l'EID à l'initiative du Conseil Général de l'Hérault ;

- Commission scientifique régionale sur les étangs du Languedoc-Roussillon (COSEL) : réunit une partie des archives relatives à son organisation, son fonctionnement et ses activités. La présence de ces documents dans le fonds de l'EID s'explique sans doute par son statut de partenaires institutionnels du COSEL ;

- Institut des aménagements régionaux et de l'environnement (IARE) : réunit une partie des archives relatives à son fonctionnement et son programme d'études pour les années 1993 et 1994. La présence de ces quelques documents de l'IARE dans le fonds de l'EID est à mettre en relation avec la gestion et l'activité du CEPREL.

Fonds ouvert

Selon les lois et règlements en vigueur.