Les services médicaux se composent d'un service en administration centrale au ministère et de services extérieurs. En fonction de l'évolution des structures du ministère, les services médico-sociaux ont été rattachés successivement au secrétariat général de la main-d'oeuvre et des assurances sociales, au CLC puis aux autres organismes qui lui ont succédé (ORPMO, CGIMO...), au secrétariat général à la main-d'oeuvre.

En région, les services extérieurs comprennent d'une part, une direction provinciale puis régionale qui, pour Montpellier, couvre les départements de l'Aude, de l'Aveyron, du Gard, de l'Hérault, de la Lozère, du Tarn, des Pyrénées-Orientales jusqu'en 1941 puis perd les départements du Gard et du Tarn, et d'autre part des inspections départementales. Sa compétence s'exerce sur l'ensemble des services relevant du Commissariat la lutte contre le chômage dans le ressort attribué : TE, DZI, centres de reclassement, ouvroirs féminins, chantiers ruraux, MOI, MON. En outre, un service médical est également affecté au camp d'Agde, dont le médecin-adjoint assure le suivi médical de la MOI. Par ailleurs, un médecin chef a été nommé pour le groupement 3 de la MOE. Il dépend du médecin inspecteur des formations de TE et du CSE à Vichy. Il travaille en lien avec le médecin inspecteur régional et peut se faire aider de manière exceptionnelle par le médecin inspecteur départemental compétent. En outre, ce médecin-chef a également été affecté au suivi de la MON.

A part le médecin chef du camp d'Agde, ces médecins ne sont pas chargés de donner des soins. Des médecins sont désignés par les GTE du groupement 3 à cet effet.