L'administration des Douanes, administration à caractère fiscal, est née avec la Révolution. Succédant à la Ferme Générale nationalisée par la Constituante le 21 mars 1791, cette administration, dont le personnel est d'abord exclusivement préposé à la police du commerce, constitue une régie. Son organisation est initialement confiée à des anciens fermiers généraux et à des fonctionnaires de la Ferme générale. L'expansionnisme révolutionnaire puis impérial oriente la politique douanière dans un sens protectionniste. Bonaparte réorganise de surcroît l'administration des Douanes de manière militaire. Entre 1815 et 1940, l'administration des Douanes connait une succession de périodes protectionnistes (1815-1860 ; 1892-1940) et de libre échange économique (1860-1892). La Seconde guerre mondiale accentue encore le caractère protectionniste de l'économie française. Au cours de ce conflit militaire, le système des prohibitions, abandonné en 1860, est remis en vigueur et le contrôle des changes est fortement accentué. L'intervention de l'État dans le domaine du commerce extérieur est de plus en plus grande.
À la sortie de la guerre puis au début des années 1950, les échanges se libèrent progressivement. Le développement et la diversification du commerce extérieur de la France ainsi que la complexité de la législation liée à la construction européenne conduisent l'administration des Douanes à adapter son organisation, ses procédures et ses méthodes d'intervention. Membre fondateur du Conseil de Coopération douanière, la douane française s'engage dans une politique volontariste de coopération internationale. Progressivement, l'effacement des frontières douanières se réalise. La disparition des frontières fiscales en 1993 est l'aboutissement de cette évolution. Elle permet, depuis le 1er janvier 1993, la libre circulation des personnes, des marchandises et des services à l'intérieur de la communauté européenne. L'instauration du marché unique a conduit à une modification des missions exercées par les services douaniers.
Le décret n°48-689 du 16 avril 1948 relatif à l'organisation de l'administration centrale du ministère des finances regroupe au sein d'une même direction la direction des Douanes et celle des droits indirects. En Languedoc-Roussillon, la direction régionale des Douanes de Montpellier est compétente sur les départements du Gard, de l'Hérault et de la Lozère, tandis que la direction régionale des Douanes de Perpignan exerce son activité sur les départements de l'Aude et des Pyrénées-Orientales. Initialement rattachées à la direction interrégionale de la Méditerranée, dont le siège se situe à Marseille, ces deux directions régionales (D.R) sont regroupées suite au décret n°2007-1665 du 26 novembre 2007 au sein de la direction interrégionale de Montpellier. Puis, au 1er janvier 2017, cette direction interrégionale (D.I) prend le nom de direction interrégionale d'Occitanie. La direction régionale des Douanes de Toulouse, précédemment intégrée à la direction interrégionale des Douanes de Bordeaux, est alors rattachée à la D.I Occitanie. Une subdivision des Douanes installée à Sète a notamment en charge le service de navigation.
Traditionnellement axées sur la perception des droits et taxes dus à l'entrée des marchandises sur le territoire national, la lutte contre les trafics illicites et les contrôles des personnes aux frontières, les missions de la douane s'étendent progressivement à d'autres secteurs comme la gestion et le contrôle des contributions indirectes. Les douaniers interviennent aussi, en collaboration avec d'autres services, dans des domaines aussi variés que la lutte contre les contrefaçons, la protection du patrimoine culturel, la défense de l'environnement ou le contrôle de la circulation des matières radioactives.
Les Douanes participent à la protection des intérêts financiers de l'Union européenne, entre autres, par la lutte contre la contrebande de cigarettes ou par le biais du contrôle de la T.V.A. intracommunautaire. La garantie du bon fonctionnement de la politique agricole commune est une autre des missions de l'administration douanière : les services veillent au respect de la réglementation fondée sur une intervention au niveau des prix des produits agricoles et sur le principe de préférence communautaire. Par ailleurs, les Douanes ayant de longue date la responsabilité de percevoir certains droits et taxes indirects (taxe intérieure sur les produits pétroliers notamment) se sont vues vue transférer en 1993 les missions de gestion, de recouvrement et de contrôle de toutes les contributions indirectes qui étaient précédemment prises en charge par la direction générale des Impôts (D.G.I.) : tabacs, alcools, ouvrages en métaux précieux, spectacles, appareils automatiques. D'autre part, les douaniers sont chargés de faire respecter les règles de production, de commercialisation, de détention et de circulation de nombreux produits et assurent également la surveillance de nombreuses filières de production. Les Douanes jouent ainsi un rôle économique important dans le secteur de la viticulture, du tabac, des produits pétroliers, des métaux précieux, des céréales et des graines oléagineuses. Enfin, les Douanes élaborent les statistiques du commerce extérieur par le biais des déclarations en douane, ce qui permet à l'État d'avoir une connaissance précise des données du commerce extérieur et aux entreprises d'obtenir des informations essentielles pour procéder à des études de marché.
