Les enquêtes individuelles concernent majoritairement les responsables politiques du département (maires, conseillers généraux et régionaux, députés, sénateurs, dirigeants d'intercommunalités) ; elles portent également sur les responsables syndicaux, associatifs, économiques (dont membres de la CCI, chefs d'entreprises), intellectuels, et sur les individus dangereux susceptibles de nuire à la sécurité publique.
Les dossiers sont composés de notices individuelles, de notes d'information et de renseignement, de coupures de presse, de passages fichier, de rapports, de tracts et propagande, de documentation diverse (notamment impressions de sites internet), de photographies, de messages. Les dossiers d'enquêtes individuelles incluent fréquemment des enquêtes administratives concernant les personnalités : déclarations de candidatures électorales, enquêtes pour délivrance par le préfet de l'honorariat aux maires, candidatures à l'ordre du mérite et aux palmes académiques, à l'entrée à l'école nationale de la magistrature.

Les enquêtes indivuelles sont soumises à une incommunicabilité de 50 ans.