L'EID a été créée en 1958 par les conseils généraux des Bouches du Rhône, du Gard et de l'Hérault et rejoint par l'Aude et les Pyrénées-Orientales en 1963, année de création de la Mission inteministérielle. Elle a comme objectif l'assainissement et la démoustification du littoral et est alors financée par l'Etat. L'EID informe et rend compte de ses activités à la Mission interministérielle.