La Commission militaire extraordinaire est créée à Sète par un arrêté des consuls du 8 floréal an X pour juger les prévenus de troubles survenus les 21 et 22 germinal an X : un rassemblement armé qui a attaqué un groupe de militaires auteurs d'actes indécents. Ces derniers ayant appelé de l'aide, le conflit a dégénéré. La population s'en est prise aux troupes de ligne, a assassiné des sentinelles et fait feu contre les grandes gardes. La commission, présidée par un chef supérieur de gendarmerie est composée de 5 officiers de la division militaire ayant au moins le grade de capitaine, et juge sans appel.
Le tribunal criminel spécial institué par la loi du 18 pluviôse an IX, dans les départements où "le gouvernement le jugera nécessaire". Il est composé du président et des deux juges du tribunal criminel, de trois militaires, et de deux citoyens ayant les qualités requises pour être juge. Il se distingue du tribunal ordinaire par l'absence de juré. Il est compétent pour des crimes de droit commun tels que le brigandage, les vols sur les grandes routes, le vagabondage, l'incendie et la fausse monnaie, les rassemblements séditieux, l'évasion, les violences et toutes circonstances aggravantes des délits. Concurrement avec le tribunal criminel ordinaire, il connaît des assassinats prémédités. La loi du 23 floréal an X, précise ses compétences relatives aux peines de flétrissure (marque au fer rouge) pour récidive.
Le senatus-consulte du 28 floréal an XII, renomme le tribunal criminel spécial en cour de justice criminelle spéciale. Ses jugements deviennent des arrêts.
La loi du 20 décembre 1815 institue dans chaque département, une cour prévôtale, composée d'un président, un prévôt (choisi parmi les officiers ayant au moins le grade de colonel) et quatre juges, dont un assesseur. Le président et les juges sont choisis parmi les membres du tribunal de première instance du lieu où siègera la cour prévôtale. Les cours prévôtales connaîtront des crimes qui étaient attribués aux cours spéciales par le Code d'instruction criminelle : les crimes commis par des vagabonds, gens sans aveu, et par des condamnés à des peines afflictives ou infamantes, le crime de rébellion armée à la force armée, celui de contrebande armée, le crime de fausse monnaie, les propos séditieux et menaces contre le Roi ou la famille royale et les assassinats, s'ils ont été préparés par des attroupements armés.
Le décret du 9 décembre 1851 institue les commissions militaires pour statuer sur les cas des individus inculpés pour avoir pris part à l'insurrection de décembre 1851. Par la suite, les circulaires du 18 janvier puis du 2 février 1852 créent les commissions départementales mixtes en désaisissant toutes les autotrités administratives, judiciaires ou militaires qui jusque là étaient chargées d'informer sur ces évènements. Elles sont composées du Commandant de la division militaire en place, du Préfet et du procureur général. Dans les faits, la commission militaire a continué à instruire les dossiers, laissant la décision finale à la commission mixte de Montpellier.
Le 10 avril 1852, la commission, composée du Général Rostolan, de M. Durand Saint-Amand, préfet de l'Hérault et de M. Louis Dufour, premier avocat général de la cour d'appel faisant fonction de procureur général par intérim, est dissoute.
