Le fonds de l'Église réformée de Bédarieux couvre le ressort actuel de l'Église protestante unie de France "Centre Hérault, secteur Montagne". Il rassemble les fonds de plusieurs communautés protestantes et associations cultuelles réformées : Bédarieux, Graissessac, Faugères, Lamalou-les-Bains et l'Église réformée dite des "Quatre cantons". Si les deux plus importantes communautés (Lodève et Clermont-l'Hérault) font l'objet d'une gestion à part (les fonds de ces deux Églises ne sont pas conservées dans ce fonds), les autres communautés font l'objet d'une administration centralisée à partir des années 1970, ce qui explique ainsi la structuration du fonds, chaque communauté produisant ses propres archives, remontant parfois jusqu'à l'Ancien Régime. Le fonds de l'Église réformée de Bédarieux est ainsi organisé en six parties : Période du désert : fonds du pasteur François Ducros (276 J 1-4) ; Église réformée de Graissessac (276 J 5, 30 et 39) ; Église réformée de Faugères (276 J 6-10, 31-36) ; Église réformée de Lamalou-les-Bains (276 J 40-43) ; Église consistoriale et paroisse réformée de Bédarieux (276 J 11-29, 37-38) ; Autres Églises [Église réformée des "Quatre cantons" (276 J 44), Association cultuelle Nord Hérault (276 J 45-48) et Consistoire de l'Hérault (276 J 45)].
La première partie Période du désert : fonds du pasteur François Ducros (276 J 1-4) rassemble les actes des différents synodes provinciaux et colloques, réunis clandestinement dans le Bas-Languedoc de 1716 à la veille de la Révolution française, reliés en plusieurs volumes par le pasteur François Ducros (276 J 1-3). Les actes fournissent de précieuses informations sur la vie clandestine des protestants au Désert, la tenue des registres paroissiaux, la diffusion des ouvrages protestants dans la région, et la prédication clandestine. Le pasteur François Ducros parcourt également tout le Bas-Languedoc pour administrer des baptêmes et mariages de 1772 à 1782, comme l'attestent 6 cahiers conservés sous la cote 276 J 4. Les cahiers témoignent de l'itinérance du pasteur, qui inscrit des actes tant dans l'Hérault (Églises de Montagnac et Valmagne, Bédarieux, Faugères, Graissessac, Caux, Clermont, Cournonterral, Ganges et Balaruc), que dans le Gard (Églises de Toupiargues, Quissac, des Mares d'Ortoux, Beauvoisin, Crespian, Montmirat, Saint-Théodorit, Canes, Vic et Combas) et l'Aveyron (Églises de Saint-Affrique et Camarès). De 1772 à 1787, François Ducros exerce son ministère clandestinement à Faugères, ainsi qu'à Graissessac en 1773-1774, ce qui permet d'expliquer que ses registres paroissiaux du Désert aient été conservés dans le fonds.
La deuxième partie, Église réformée de Graissessac (276 J 5, 30, 39), est constituée de trois articles : un article réunissant un registre, un cahier et des extraits d'actes paroissiaux de 1748 à 1779 (276 J 5), deux tomes imprimés d'une bible de 1764 (276 J 30) et un dossier de comptabilité et travaux (276 J 39). L'essentiel du fonds de l'Église réformée de Graissessac est conservé en sous-série 204 J.
La troisième partie, Église réformée de Faugères (276 J 6-10, 31-36), regroupe, pour la période d'Ancien Régime, un livre des actes du consistoire (1665-1673, 276 J 6) et un article réunissant les actes paroissiaux clandestins de l'Église (1760-1787, 276 J 7). Le livre du consistoire de Faugères, datant des années 1665 à 1673, comprend des délibérations, des extraits d'actes des synodes du Bas-Languedoc et des colloques de Montpellier, ainsi que les censures, les thèmes des lectures, sans oublier les nominations au nouveau consistoire. Il s'agit assurément d'une source inédite pour l'histoire d'une communauté protestante quelques années avant la révocation de l'Édit de Nantes. Plusieurs articles relatifs à l'administration et à la comptabilité (276 J 8-10) documentent la période postérieure aux articles organiques de la loi du 18 germinal an X. L'étude de la population réformée est également possible grâce aux registres d'actes paroissiaux qui couvrent la fin du XIXe siècle jusqu'aux années 2017 (276 J 31-34).
La quatrième partie Église réformée de Lamalou-les-Bains (276 J 40-43) réunit les archives administratives, comptables et de gestion immobilière de la paroisse. Dans les années 1980, le poste pastoral Centre Hérault dit "Montagne" concerne également la paroisse de Lamalou-les-Bains, qui n'a pas de pasteur attitré. Sont ainsi conservés des rapports sur les activités pastorales estivales pendant les cures (276 J 40, 43), ainsi que les frais d'entretien du temple (276 J 42).
La cinquième partie Église consistoriale et paroisse réformée de Bédarieux (276 J 11-29, 37-38), rassemble les archives postérieures aux articles organiques de la loi du 18 germinal an X tant de l'Église consistoriale, que de la paroisse réformée. Sont ainsi conservés pour l'Église consistoriale, des registres de délibérations (1823-1903, 276 J 12) et un registre de copies de délibérations des paroisses réformées situées dans le ressort de l'Église consistoriale (1819-1898, 276 J 11), ainsi que de la correspondance (1838-1904, 276 J 13-14) et des pièces de comptabilité (1808-1894, 276 J 15). La paroisse réformée, devenue association cultuelle de l'Église réformée de Bédarieux, conserve quant à elle un cahier de délibérations (1888-1970, 276 J 25) et de la correspondance (1968-1971, 276 J 28), ainsi que des archives permettant l'étude de la population réformée (recensement et actes paroissiaux, 1866-1935, 276 J 17 et 276 J 19 ; élections de 1868 à 1904, 276 J 21). Viennent ensuite plusieurs articles de comptabilité (276 J 26-27, 29), un dossier sur le temple de Bédarieux (1806-1893, 276 J 16) et un ensemble très intéressant d'archives provenant de la Société protestante de secours mutuels de Bédarieux (1807-1918, 276 J 20-22). Ces dernières archives de la Société protestante de secours mutuels de Bédarieux rendent particulièrement bien compte de l'activité d'assistance de l'Église réformée de 1870 à 1924. Enfin, les achats et prêts d'ouvrages par la bibliothèque de la paroisse entre 1853 et 1874 peuvent être étudiés par plusieurs catalogues manuscrits (276 J 23-24).
La sixième partie Autres Églises (276 J 44-48) rassemble des fonds de l'Église réformée des "Quatre cantons" (276 J 44), de l'Association cultuelle Nord Hérault (276 J 46-48) et du Consistoire de l'Hérault (276 J 45). Dans les années 1980, plusieurs Églises sont créées. La première est celle dite des "Quatre cantons d'Hérault et de Lergue", qui forme une association cultuelle en 1983, couvrant les cantons d'Aniane, Clermont-l'Hérault, Gignac et Lodève. Elle relève du conseil presbytéral de l'association cultuelle de Bédarieux jusqu'en 1994 (276 J 44). La deuxième est l'association cultuelle du secteur Nord Hérault. Face à une multitude de situations différentes, le conseil régional souhaite également, en 1982, disposer d'un interlocuteur unique pour toutes ces paroisses protestantes, ce qui explique qu'en 1983 est créée une association cultuelle. Celle-ci rassemble des délégués du secteur des quatre cantons, des paroisses de Bédarieux, de Faugères, Graissessac et Lamalou-les-Bains. En 1992, le secteur Centre Hérault Montagne compte alors désormais trois associations cultuelles : Bédarieux, Lamalou-les-Bains et Graissessac, d'une part ; Lodève et Clermont-l'hérault, d'autre part ; et enfin Faugères qui demeure autonome. Ces communautés contribuent toutes au fonctionnement du Consistoire de l'Hérault, leurs délégués participant aux réunions annuelles et aux journées festives organisées au Lazaret de Sète pendant les années 1990 (276 J 45).
Le fonds de l'Église réformée de Bédarieux permet ainsi l'étude de communautés protestantes héraultaises sous l'Ancien Régime et particulièremenent pendant la période des persécutions et du Désert. Il offre aussi la possiblité de s'intéresser au fonctionnement d'une Église consistoriale héraultaise au XIXe siècle, ainsi que de celle de plusieurs communautés réformées du nord du département de l'Hérault aux XIXe et XXe siècles.