Le secrétaire général a pour mission d'animer, de coordonner les services déconcentrés de l'État et de gérer les services de la préfecture. Il est l'adjoint direct du préfet dans le département, il le seconde et l'assiste dans ses fonctions. Pour cela , il bénéficie d'une large délégation de signature et remplace le préfet en cas d'absence. Il est assisté dans ses missions par les services administratifs de la préfecture.
