Sous l'épiscopat d'Arnaud, évêque de Maguelone, entre 1030 et 1060, un grand cimetière est établi sous les vocables de Saint Barthélemy et Saint Cléophas au sud-ouest de Montpellier. Une des chapelles est alors dédiée à Saint Claude et les confréries "Charité de Saint Barthélemy", "Oeuvre de Notre-Dame du Charnier" et "Bassin de Saint Claude" s'y établissent. L'église Saint-Barthélemy est alors une annexe de celle de Saint-Firmin. Dans la seconde moitié du XVe siècle, une église plus grande est édifiée à l'autre extrêmité du même cimetière, sous le vocable de Notre-Dame du Charnier et de Saint Claude ; elle est consacrée le 22 mai 1481. L'évêque de Maguelone confirme alors le 30 novembre 1483 les statuts de la confrérie sous l'invocation de "Notre-Dame du Charnier du cimetière de Saint-Barthélemy et de Saint Claude".
En 1561, lors des Guerres de religion, l'église est dévastée. En attendant le rétablissement de leur lieu de culte, les confrères s'établissent en 1601 dans l'église de la Canourgue, en 1607 dans l'église Notre-Dame des Tables, puis, dans le couvent des Cordeliers. En 1612, ils se transportèrent en l'église Saint-Paul, dépendant des Trinitaires. L'église est détruite en 1621 et, en 1625, les confrères restaurent leur chapelle.
En 1663, lorsque les Carmes déchaux obtiennent la permission de s'installer dans l'ancien cimetière Saint-Barthélemy, où ils construisent une église (consacrée seulement en 1707), la confrérie revient dans son premier lieu de culte, mais se voit octroyer une simple chapelle à l'entrée du cloître.
A la suite de difficultés de voisinage avec les Carmes et un vain essai de fusion avec la confrérie des Pénitents blancs, les confrères de Saint Barthélemy optent pour une nouvelle "fondation" et acquièrent une maison servant au jeu de paume dans la rue des Etuves. Ils reçoivent alors le nom de "Confrérie des Pénitents bleus" et sont placés sous le patronyme de la Vierge, par ordonnance épiscopale du 20 février 1746 (avec quelques modifications en date du 18 mars 1749), confirmée par arrêt du 3 juillet 1749 du parlement de Toulouse.
Vendue comme bien national en 1793, la chapelle des pénitents est démolie par l'acquéreur. Après la reconstitution de la confrérie, une société par actions formée de ses principaux membres acquiert l'ancienne église de la Merci, "réconciliée" le 2 avril 1803. Les confrères accueillent également la paroisse Sainte Eulalie, succursale de Saint-Denis.
Cependant, difficultés et procès occasionnent le départ des pénitents, qui font l'acquisition le 28 février 1844 de la maison Loys dans la rue des Etuves et y construisent leur église, consacrée le 16 juin 1846.
Au sein de la confrérie, une corporation dite "Société de Saint Claude" est établie en 1871 et, par ordonnance épiscopale du 10 octobre 1874, le centre de l'Oeuvre du bon Suffrage (ou Confrérie du bon suffrage) est également installé.

Le fonds de la compagnie des pénitents bleus de Montpellier est structuré en dix parties.

La première partie est formé par les inventaires anciens des archives de la confrérie.

La seconde partie réunit les documents concernant les statuts et armoiries de la confrérie.

La troisième partie rassemble les registres de délibérations des confrères de 1601 à 1881, ainsi que ceux des soeurs pénitentes de 1806 à 1921.

La quatrième partie permet l'étude de la composition de la confrérie puisque sont ici réunies les archives relatives à la réception des pénitents et à la composition de la confrérie.

La cinquième partie concerne les fondations de messes et les élections de sépulture des confrères.

La sixième partie est constituée des archives comptables de la confrérie.

La septième partie regroupe les titres de la confrérie depuis le Moyen-Age.

La huitième partie rassemble les contentieux et procès engagés par la confrérie ou contre la confrérie.

La neuvième partie concerne les relations de la confrérie des pénitents bleus de Montpellier avec les autres confréries de pénitents du sud de la France.

Enfin, la dixième partie réunit plusieurs ouvrages anciens de la bibliothèque de la confrérie des pénitents bleus.

Les archives de la compagnie des pénitents bleus de Montpellier constituent donc un remarquable fonds permettant l'étude la la pratique religieuse catholique à Montpellier du XVIIe siècle au XXe siècle.

- Aigrefeuille (Charles d'). Histoire de la ville de Montpellier.-Montpellier, impr, Jean Martel,1737-1739,2 vol.
- Gariel (Pierre). Idée de Ia ville de Montpellier, recherchée et présentée aux honnêtes gens.-Montpellier, Daniel Pech, 1665.
- Germain (Alexandre). "De la charité publique et hospitalière à Montpellier au Moyen Age", dans Mémoires de la Société Archéologique de Montpellier, t. IV, 1855, p. 481-552.
- Guiraud (Louise). La paroisse Saint-Denis de Montpellier. Etude historique.-Montpellier, 1887.
- Le Harlan ou pillage et desmolissement des églises de la ville de Montpelier faicts par quelques rebelles. Réimpression faite par la Société des Bibliophiles de Montpellier d'après le seul exemplaire connu de l'édition de 1622 (Béziers, Jean Pech) avec introduction et notes.-Montpellier, Félix Seguin,1874.
- Les Pénitents blancs et les Pénitents bleus de la ville de Montpellier. Leurs origines. Leur histoire. Leurs règles. -Montpellier, Jean Martel Aîné, 1814.