La loi de 18 germinal an X fixe l'organisation de l'Eglise réformée en France. Les articles 15 et 16 prévoient que "les Églises réformées de France auront des pasteurs, des consistoires locaux et des synodes" et que les protestants sont regroupés en églises consistoriales de 6 000 âmes, ayant chacune à leur tête des consistoires, composés des pasteurs desservant l'Eglise et de six à douze anciens choisis par les notables. Le consistoire administre les biens et élit les pasteurs.

Le décret du 26 mars 1852 crée un Conseil presbytéral par paroisse qui est chargé de veiller à l'ordre, à la discipline et au développement religieux de la paroisse ; il doit également entretenir les édifices religieux et administrer les revenus provenant des aumônes et autres ressources financières de la paroisse. Les conseils presbytéraux sont élus au suffrage universel masculin pour six ans, renouvelables par moitié tous les trois ans. Chaque conseil est représenté au consistoire.

A partir de 1905 (lois de séparation des Eglises et de l'Etat), les affaires de la communauté sont gérées par les associations cultuelles qui ont pour objet d'assurer la célébration du culte et de pourvoir aux frais ainsi qu'aux besoins du culte et des œuvres qui s'y rattachent. Leurs ressources se composent notamment du produit des quêtes, des dons et des legs.

Dans l'Aveyron, on compte une seule église consistoriale du culte réformé, à Saint-Affrique.

Conformément aux recommandations diffusées lors du Synode régional de l'Eglise réformée de France (région Cévennes-Languedoc-Roussillon), tenu à Saint-Hippolyte-du-Fort (Gard) en novembre 1981, les représentants du conseil presbytéral de l'Eglise réformée de Saint-Affrique (Aveyron), dépositaire des archives de l'ancien consistoire de Saint-Affrique, ont remis le 26 novembre 1983 au représentant du conseil régional de l'Eglise réformée de France, les archives du consistoire de Saint-Affrique, ainsi que celles des paroisses le composant.

Le fonds de l'Eglise réformée de Saint-Affrique (Aveyron) couvre à la fois l'Ancien Régime et l'époque contemporaine sur une période de 1765 à 1988. Toutefois, le fonds porte principalement sur le XIXe siècle et la première moitié du XXe siècle.

Il rassemble les archives du consistoire de Saint-Affrique, ainsi que de plusieurs paroisses protestantes aveyronnaises (paroisses de Camarès, de Cornus, de Millau, de Saint-Affrique et de Saint-Jean-du-Bruel).

Le fonds du consistoire de Saint-Affrique est composé de registres de délibérations, de correspondance, de documents relatifs aux élections, aux pasteurs, à la comptabilité, ainsi qu'à l'enseignement religieux.

Les fonds de paroisses sont constitués principalement de registres de délibérations du conseil presbytéral, de listes de pasteurs et de fidèles, de comptabilité. Le fonds de la paroisse de Saint-Affrique est le plus volumineux et conserve en particulier les registres d'actes paroissiaux (baptêmes, mariages et sépultures) pour la deuxième moitié du XIXe siècle.

Le fonds de l'Église réformée de Saint-Affrique, en Aveyron, permet ainsi l'étude à la fois d'un consistoire aveyronnais et des paroisses protestantes qui le composent aux XIXe et XXe siècles.

Sous-série 12 J : Fonds Église réformée de Montpellier

Sous-série 13 J : Fonds de la bibliothèque de l'Eglise réformée de Montpellier

Sous-série 24 J : Fonds Foyer de la Jeune Fille de Montpellier

Sous-série 63 J : Fonds Consistoire de Montagnac

Sous-série 78 J : Fonds Église réformée de Lunel

Sous-série 204 J : Fonds Église réformée de Graissessac

Sous-série 217 J : Fonds protestant d'archives

Sous-série 218 J : Fonds du pasteur Élie Gounelle

Sous-série 257 J : Fonds du pasteur Honoré Michel

Sous-série 276 J : Fonds Eglise réformée de Bédarieux

GARRISSON-ESTEBE, Janine. Protestants du Midi. Toulouse : Privat, 1980, 367 p.

KIRSCHLEGER, Pierre-Yves. Création d'un « Fonds protestant d'archives » aux Archives départementales de l'Hérault. In Bulletin de la Société de l'Histoire du Protestantisme Français, Vol. 161 (Avril-Mai-Juin 2015), pp. 297-300. (Archives départementales de l'Hérault, coté PAR 1374/11)

PERONNET, Michel. La Controverse religieuse : XVIe-XIXe siècles. Tome II. Montpellier : Université Paul-Valéry, [1980].  (Archives départementales de l'Hérault, coté BIB 3240)