A partir de la période révolutionnaire, la gestion de l'ensemble des hôpitaux de Montpellier est confiée à une commission dite "commission administrative des hospices de Montpellier". Elle se compose du maire de la ville (président de droit, succédant à l'évêque à ce titre) et de plusieurs membres nommés par le préfet. Ils assument les charges d'ordonnateur et receveur (gestion financière), d'économe (gestion des matières) et de secrétaire (contrôle de gestion). Jusqu'en 1979, les bureaux de cette administration occupent les locaux situés à gauche de la chapelle de l'Hôpital général. De là, elle assure une administration centralisée des différents hôpitaux : réglementations et délibérations, recrutement du personnel, travaux de construction et d'entretien des bâtiments, financement et suivi des budgets annuels, tenue des comptes d'exploitation en matières, et gestion immobilière d'un capital foncier varié.
Chaque établissement dispose quant à lui d'une direction dite opérationnelle : prenant en charge la gestion du mobilier, elle assume le suivi des consommations quotidiennes et le suivi des entrées et sorties de la population accueillie.
On distingue plusieurs établissements hospitaliers, établis sur plusieurs sites.
1) L'Hôpital général (dit temporairement hospice d'Humanité pendant la période révolutionnaire), conserve sa charge de recueillir indigents, enfants abandonnés et personnes âgées démunies, charge héritée de sa fondation sous l'Ancien. L'accueil des enfants abandonnés fait alors l'objet d'un développement institutionnel considérable. La mise en place d'un tour en 1819 permet de limiter les abandons dits "sauvages" aux portes des églises. Les enfants sont alors baptisés et soignés par des sœurs. Ils sont en général envoyés en nourrice, dans les Cévennes ou dans l'Aveyron, avant de revenir suivre une base de scolarité, suivie d'un apprentissage professionnel, d'un engagement militaire ou encore d'un mariage. Les personnes âgées sont en général accueillies sur ordre préfectoral : bénéficiant de soins et d'un cadre de vie réglementée, elles deviennent des pensionnaires qui terminent souvent leur vie au cimetière de l'hôpital. Ces aspects sont le prolongement des activités prévues initialement pour cette fondation. Néanmoins, à l'intérieur de l'enceinte du site, plusieurs annexes spécialisées propre à l'évolution de l'assistance à l'époque moderne, voient le jour.
Un Dépôt de mendicité est établi à partir de 1810. Situé au nord du site, juste derrière les ailes de l'Hôpital général, il est construit autour de deux cours (séparant les deux sexes) et devait assurer une capacité d'accueil d'une centaine de personnes. Il constitue un lieu d'accueil désormais plus spécifique pour les indigents et démunis. Ceux-ci pouvaient y bénéficier de soins médicaux et de mesures d'accompagnement pour une insertion professionnelle, avec notamment leur contribution aux travaux dans les manufactures du site. En plus des indigents, des mendiants voire des prisonniers ont pu y être assignés à résidence, ce qui explique l'évolution du nom en Dépôt de police à partir de 1820. Il demeure actif jusqu'au début du XXe siècle : il compte alors principalement parmi sa population des vénériens.
Le dépôt a pour annexe une première maternité. Active de 1816 à 1876, elle est tenue par des sages-femmes et des sœurs, qui accompagnent principalement les personnes indigentes à accoucher. Les enfants ne pouvant être assumés sont alors dirigés vers les services consacrés aux enfants abandonnés évoqués plus haut. Des élèves sages-femmes peuvent y suivre là un cursus pratique. Il est à noter qu'à partir de 1860, la formation des praticiens de l'obstétrique se déroulent parallèlement dans l'annexe du premier hôpital Saint-Eloi (voir plus loin).
Enfin, un premier asile d'aliénés est également aménagé à l'arrière de l'Hôpital général, à l'est du site, à partir de 1821. Il propose un lieu d'accueil plus confortable que les quelques loges réservées aux aliénés dans l'hôpital Saint-Eloi (voir sous-série 1 HDT). Il comprend un quartier pour chaque sexe, sous la forme de deux cours avec des galeries dont les loges distinguent les différents cas de patients. Il a pu accueillir jusqu'à 385 personnes (en 1851), faisant l'objet d'un placement d'office demandé par la préfecture sur décision de justice, voire de placements volontaires. Les locaux trop limités, et la spécialisation de cette discipline médicale, expliquent que ces lieux seront abandonnés à partir de 1909 : les malades seront dès lors accueillis sur le site de l'asile départemental de Font-d'Aurelle (voir plus loin).
Cet ensemble de bâtiments, construits selon la logique architecturale d' "hôpital-cloître", constitue un site constitue un témoignage de la spécialisation croissante de l'assistance tout au long du XIXe siècle, à la fin duquel une nouvelle conception de l'hôpital va émerger.
2) L'hôpital Saint-Eloi subsiste pendant toute cette période également. Toujours situé dans la rue de la Blanquerie (actuelle rue de l'Université), il perpétue sa fonction plus médicale à proprement parler (voir sous-série 1 HDT). Desservi par des médecins, dont des professeurs de la faculté de médecine, il permet la formation d'élèves internes qui assument un suivi des patients. Malades civils et militaires y sont soignés le temps de courts séjours. Aménagé autour de deux cours principales (encore visibles aujourd'hui), il dispose de vastes salles communes aménagées sur deux étages, les malades y étant assignés selon les spécialités médicales dont leurs cas relèvent (fièvre, gale, gynécologie et maladies vénériennes, chirurgie, blessures pour les militaires). On compte 200 patient pendant la période révolutionnaire, puis une moyenne de 500 personnes accueillies annuellement pour le XIXe siècle.
Adjoint aux locaux, une deuxième maternité a été temporairement aménagée à partir de 1860, située dans l'île Palat. Disposant de quelques places seulement, et placée sous l'autorité d'une sage-femme en chef, elle fait alors office d'école pratique d'accouchement pour les obstétriciens en cours de formation. Il ne s'agit pas d'un lieu d'accueil, mais plutôt d'un cadre de pratique d'observation et d'enseignement médical. Elle fermera ses portes vers 1890, lorsque la nouvelle maternité à proximité de l'Hôpital général (actuelle avenue Grasset), propose un lieu d'accueil et d'enseignement plus approprié aux nomes sanitaires et sociales.
De même, l'émergence de l'architecture pavillonnaire et les nouvelles normes sanitaires poussent la commission administrative à envisager la construction d'un nouvel hôpital. Faisant appel à l'architecte Tollet, elle établira le projet d'un hôpital suburbain qui sera établi à l'extérieur de la ville en 1890. Les malades et services y sont tous transférés l'année suivante, tandis que les anciens bâtiments sont concédés à l'université de Montpellier. Le nouveau site conservera néanmoins sa dénomination de "Saint-Eloi" (voir plus loin).
3) Un hôpital annexe situé à Balaruc-les-Bains, était utilisé pour les traitements de balnéothérapie. Qu'il s'agisse de malades (civils ou militaires), d'aliénés ou d'indigents, les patients y étaient envoyés tout au long du XIXe siècle pour de courts séjours, parfois périodiques.
Dans les dernières années du XIXe siècle, un vaste programme de constructions hospitalières vise à mettre à la disposition de la population des hôpitaux plus vastes et plus fonctionnels, selon les nouveaux plans dits pavillonnaires conceptualisés par l'architecte Tollet. La Commission administrative envisage alors de déplacer les hôpitaux à l'extérieur de la ville, où l'espace permet des aménagements plus vastes et où les conditions sanitaires sont réputées meilleures.
4) C'est ainsi qu'en 1891 est ouvert l'hôpital Saint-Eloi, dit suburbain. Il est disposé comme un ensemble présentant plusieurs pavillons, alignés autour d'un bâtiment central comprenant les cuisines, les salles d'opération, la pharmacie et la chapelle. Les pavillons comprennent une grande salle commune et des salles annexes à l'extrémité. Hautes en plafond et bénéficiant d'un nouveau système de ventilation, ces salles sont réparties par spécialité. Cliniques médicale et chirurgicale sont dès lors distinguées, de même que des salles réservées aux militaires. Des services de clinique infantile, puis de gynécologie sont peu à peu emménagés, chaque spécialité trouvant sa place dans cet ensemble hospitalier modernisé. Encore en place aujourd'hui, et bien qu'ayant fait l'objet de réaménagements intérieurs, ce site constitue un témoin majeur du patrimoine hospitalier de Montpellier.
5) Sur le site de l'hôpital général est aménagé, à l'est, le long du Verdanson, une clinique ophtalmologique, inaugurée en 1893. Les bâtiment sont également en forme de long pavillon longiligne, doté de deux ailes latérales. Le corps central contient les salles de malades, de part et d'autres de la salle d'opération, et les ailes abritent les services communs. L'aménagement d'un petit amphithéâtre autour d'une salle d'opération au premier étage est prévu pour l'enseignement de cette spécialité médicale. Cette clinique sera active jusqu'en 1993, année où elle fut détruite pour l'aménagement du tramway.
6) Un peu plus loin, le long de l'actuelle avenue Grasset, est également édifiée en 1896 une nouvelle maternité. Le site adopte à son tour le plan pavillonnaire. Il se divise en deux parties. La première comprend des salles servant de dortoirs pour les femmes en couches, avec des salles de services annexes pour les accouchements. L'autre partie constitue une école de sages-femmes à proprement parler. Elle comprend bibliothèque, salles de cours et dortoirs pour les internes. Assumant un accueil médical et sanitaire modernisé, cette maternité a pu élargir sa capacité d'accueil. Bien que continuant à assumer la prise en charge d'enfants confiés à l'assistance publique, elle s'ouvre dès lors à toute la population montpelliéraine.
7) L'évolution est semblable dans le domaine de la psychanalyse. C'est au début du XXe siècle que le département intervient dans le domaine hospitalier. Le Conseil général prend alors en charge la modernisation de l'asile des aliénés en un hôpital psychiatrique. Les malades sont transférés en 1909 sur le site dit de Font-d'Aurelle, également alors à l'extérieur de la ville. Il est construit sous la forme de pavillons disposés en quartiers distincts, selon les différents cas d'aliénations. Il s'agit d'un vaste complexe encore conservé aujourd'hui. L'établissement est alors administré entièrement par une commission dite de Surveillance, comptant son directeur, son receveur et son économe propres, nommés par le Conseil général, du moins jusqu'en 1928, lorsque la gestion en est à nouveau confiée à la commission administrative des hospices de Montpellier.
8) Il en est de même pour le traitement des tuberculeux. Plusieurs sanatoriums (Belle-Vue, Bon Accueil et villa Saint-Charles), édifiées à l'extérieur de la ville, au début du XXe siècle, sont rassemblés sous l'égide du département en 1921. Ils ont leur propre "commission administrative des sanatoriums départementaux".
Conséquence de ce développement hospitalier, la spécialisation médicale fait son apparition dans les locaux de l'Hôpital général, qui dispose dès lors de l'espace libéré par l'asile et la maternité. L'ancien asile devient en 1909 une clinique des maladies nerveuses, où sont traités notamment les soldats ramenés du front pendant la première guerre mondiale. Des services de dermatologie, laryngologie, et des voies urinaires, sont peu à peu implantés dans les locaux de l'ancien dépôt et maternité. Ils sont dirigés par des médecins enseignant parallèlement à l'université de la ville. Ils déménageront par la suite dans la nouvelle clinique Saint-Charles, qui sera construite à l'arrière de l'Hôpital général à partir de 1932, et qui ouvre une nouvelle période de l'histoire hospitalière de la ville de Montpellier (voir la sous-série 16 HDT).
