Le fonds de la préfecture portent sur l'intendance, le génie, les transports, la justice, la santé et l'assistance militaire. Toutefois, la plupart des affaires étaient traitées directement à l'échelon national. Les Archives départementales de l'Hérault conservent peu de dossiers à leur sujet, exception faite pour le génie et la justice militaires dont s'occupe la préfecture.

Le Génie désigne le service chargé du développement, de la gestion et de l'entretien du domaine immobilier de l'armée. Le fonds du Génie militaire de Montpellier forme avec celui de la préfecture un ensemble remarquable sur les bâtiments et terrains militaires de l'Hérault. Il concerne les départements de la région : Pyrénées-Orientales, Aude, Aveyron, Gard et Lozère. La circonscription du Génie ayant varié avec les années, on y trouve quelques documents relatifs à d'autres départements. La direction étant elle-même passée de Perpignan à Sète puis à Montpellier, on trouve pour chacune de ces villes les archives de la direction et de la place militaire aux époques correspondantes.

Le comité départemental pour recueillir et distribuer des secours destinés aux militaires et marins du département de l'Hérault et à leur famille a été constitué le 9 août 1870 à l'initiative du préfet Bergognié, en présence des notables et de représentants du clergé. Une commission administrative était nommée avec, à la présidence, Grasset (président de la Cour impériale), comme secrétaire Kühnholtz (propriétaire) et pour trésorier Glaize (banquier). Ce comité a fonctionné jusqu'en 1878. Le fonds comprend les listes et répertoires des membres, des souscripteurs et des bénéficiaires, les registres de délibération, les comptes rendus financiers, la correspondance avec les ministères, le préfet, l'évêque, les maires, des renseignements sur les familles nécessiteuses et les registres comptables.

Le fonds du Conseil de guerre de la XVIème région correspond aux archives du conseil de guerre de la XVIème région siégeant à Montpellier pour les années 1911-1914.