La Mutuelle nationale des étudiants de France (MNEF) est créée en 1948 en même temps que le régime de sécurité sociale étudiant pour le gérer. La création d'un régime étudiant de sécurité sociale est obtenue par l'Union nationale des étudiants de France (UNEF) et se fait dans le cadre de la Charte de Grenoble qui dispose dans son article 2 qu'« en tant que jeune, l'étudiant a droit à une prévoyance sociale particulière, dans les domaines physique, intellectuel et moral ». L'UNEF gère à cette époque de nombreuses œuvres (restaurants universitaires, logements&), le niveau de direction est alors local, chaque association générale des étudiants d'une ville les gérant de façon autonome. L'ampleur de la tâche pour gérer un régime de sécurité social rend plus pertinent la création d'une structure nationale plutôt qu'une fédération de structures locales (il y a à cette époque 150 000 étudiants). Le niveau national garantit aussi une indépendance face aux autorités universitaires et politiques locales.

En complément du régime de sécurité sociale, la MNEF développe rapidement de nouvelles prestations : caisse d'invalidité et de décès, assurance accidents, dommage aux tiers& Elle étend ensuite ses activités aux secteurs sanitaires et sociales en mettant en place des actions de prévention contre les maladies.

La sociologie étudiante connaît de fortes mutations dans les années 1960-1970. En 1971, la MNEF compte 400 000 adhérents. Ces nouveaux étudiants recourent beaucoup plus aux soins, la mutuelle doit faire face à une forte augmentation du nombre de dossiers traités. Les effectifs salariés doivent être augmentés et mettent en difficulté les comptes de la mutuelle.

Les difficultés financières ainsi que les erreurs de gestion révélées par l'affaire de la MNEF conduisent à la suppression de la mutuelle étudiante en 1999.