A l'origine de l'Agence nationale pour la cohésion sociale et l'égalité des chances (ACSE), on trouve le Fonds d'action sociale (FAS) pour les travailleurs musulmans d'Algérie en métropole et pour leurs familles, institué au coeur du conflit algérien (1954-1962), par l'ordonnance du 29 décembre 1958.

Entre 1964 et 1983, le FAS change plusieurs fois de nom et voie ses compétences s'élargir notamment à l'ensemble de la population migrante. Le FAS, en devenant le Fonds d'action sociale pour les travailleurs immigrés et leurs familles, a pour objectif de prendre en compte l'installation durable en France et induit une dimension générationnelle à la mission de l'établissement. S'il intervient toujours par la mise en oeuvre de "programmes sociaux", le FAS a désormais pour mission "de concourir à l'insertion sociale des travailleurs immigrés et de leurs familles".

En 2001, le FAS, conçu pour mettre en oeuvre une action sociale, voit sa mission redéfinie vers le soutien à l'intégration des personnes immigrées ou issues de l'immigration et la lutte contre les discriminations raciales dont elles pourraient être victimes.Le FAS devient le Fonds d'action et de soutien pour l'intégration et la lutte contre les discriminations (FASILD).

La loi n° 2006-396 du 31 mars 2006 pour l'égalité des chances crée l'Agence nationale pour la cohésion sociale et l'égalité des chances et le service civil volontaire. Elle est substituée au Fasild pour l'ensemble des actions à l'exception des actions de participation à l'accueil des populations immigrées qui sont transférées à l'Agence nationale de l'accueil des étrangers et des migrations.

En réponse à la crise des banlieues de l'automne 2005, l'Acsé vise à renforcer l'efficacité de l'action de l'Etat en faveur des habitants des quartiers prioritaires de la politique de la ville, de l'intégration des personnes immigrées et issues de l'immigration et de la lutte contre les discriminations.

A ces deux missions principales s'ajoutent la responsabilité du service civil volontaire, la lutte contre l'illettrisme et la gestion du fonds interministériel de prévention de la délinquance.

Elle regroupe ainsi les moyens gérés antérieurement par le Fasild et les crédits d'intervention de la DIV (Délégation interministérielle à la ville) en faveur des habitants des quartiers prioritaires de la politique de la ville.

En 2007, l'Acsé gère le fonds interministériel de prévention de la délinquance. Ce fonds est destiné à financer la réalisation d'actions dans le cadre des plans de prévention de la délinquance. Le premier objectif est de soutenir des actions au bénéfice des familles et des personnes dont le comportement est préjudiciable pour autrui ou pour elles-mêmes (article 5 de la loi du 5 mars 2007 relative à la prévention de la délinquance).

L'Agence nationale pour la cohésion sociale et l'égalité des chances est administrée par un conseil d'administration et un directeur général nommé par l'État.

Le conseil d'administration est composé pour moitié de représentants de l'État et pour moitié de représentants du Parlement, des collectivités territoriales et de leurs établissements publics, des organisations syndicales d'employeurs et de salariés représentatives au plan national, des caisses nationales de sécurité sociale, des organismes régis par le code de la mutualité, des associations et des chambres consulaires, ainsi que de personnalités qualifiées.

À l'échelle du département, le délégué de l'agence est le préfet. Il signe les conventions, concourt à leur mise en oeuvre, leur évaluation et leur suivi.

Dans le cadre de la révision générale des politiques publiques (RGPP), les antennes régionales de l'Agence de Cohésion sociale et de l'Egalité des chances (Acsé) disparaissent en tant que telles et une partie de leurs compétences sont reprises par la DRJSCS (Direction régionale de la Jeunesse, des sports et de la cohésion sociale).