Mises en place au moment de la Libération, et avant la mise en place de tribunaux réguliers, les cours martiales, juridictions militaires de la Résistance, ont siégé à partir du 28 août 1944 au chef-lieu de chaque département. Instituées pour la plupart par les autorités militaires FFI au lendemain de la Libération, les cours martiales de Montpellier, Rodez et Perpignan sont déclarées irrégulières après la guerre. Par la suite, leurs décisions ont souvent fait l'objet de recours en annulation.

La cour martiale de l'Aude est la seule à avoir eu une existence légale puisqu'instituée par arrêté du préfet de l'Aude daté du 31 août 1944. Elle était composée du président et de quatre assesseurs, tous militaires FFI. Elle a siégé du 1er au 20 septembre.

La cour martiale de l'Aveyron, appelée également tribunal militaire du maquis Rolland a siégé du 26 août au 13 septembre. Elle était composée du président du conseil de guerre de l'Aveyron et de deux assesseurs.

La cour martiale de l'Hérault, instituée le 28 août par les autorités militaires fonctionne du 30 août au 14 septembre. Bien que déclarée illégale par la suite, elle a été établie "dans le but de contribuer au maintien de l'ordre en accord avec les autorités administratives et judiciaires".

Dans les Pyrénées-Orientales, la cour martiale est créée par décision du Colonel Cayrol et siège du 8 au 15 septembre.

L'instruction menée par les cours martiales était sommaire, l'exécution des peines, immédiate.

Du 26 août au 20 septembre, 240 personnes ont été jugées, parmi lesquels 144 ont été condamnées à mort et exécutées. Dès la mise en place de la Cour de justice, les cours martiales sont dessaisies et cessent de siéger.

Les Cours de Justice sont instituées par l'ordonnance du Gouvernement provisoire de la République du 26 juin 1944. Elles ont pour mission de juger les actes de collaboration avec l'ennemi commis entre le 16 juin 1940 et la Libération.

Elles sont composées d'un président et de quatre jurés choisis dans une liste de "citoyens qui n'ont cessé de faire preuve de sentiments nationaux". Cette liste est établie par une commission composée du premier président de la cour d'appel et de deux représentants désignés par le comité départemental de Libération.

L'arrêté du Commissariat régional de la République à Montpellier en date du 11 septembre 1944, institue pour le ressort de la Cour d'appel de Montpellier une cour de justice. Quatre sections de cette cour de justice siègeront au chef-lieu des départements de l'Hérault, de l'Aude, des Pyrénées-Orientales et de l'Aveyron.

L'information de toute affaire mise à l'instruction doit être clôturée dans un délai de huit jours, sauf dérogation accordée par le président de la cour de justice. Les pourvois en cassation sont provisoirement suspendus, les recours en grâce ne seront adressés qu'au Commissaire régional de la République.

Un autre arrêté du Commissaire régional de la République de Montpellier, daté du même jour désigne les membres de la Cour de justice :

- Section de Montpellier, président : M. Jean Chante, conseiller de la Cour d'appel ; commissaire du gouvernement, remplissant les fonctions de ministère public : M. Germain Taurines, substitut général près la Cour d'appel,

- Section de Carcassonne, président : M. Edouard Rouvière, président du tribunal civil de Carcassonne ; commissaire du gouvernement : M. François Pastour, procureur de la République près le tribunal civil de Carcassonne,

- Section de Perpignan, président : M. Jean Villaret, président du tribunal civil de Perpignan ; commissaire du gouvernement : M. Henri Negrel, substitut du procureur de la république près le tribunal civil de Perpignan,

- Section de Rodez, président : M. Joseph Mijoule, président du tribunal civil de Rodez ; commissaire de la République : M Roger Martin, procureur de la république près le tribunal civil de Rodez.

Les cours de justice fonctionnent jusqu'en 1950. Elles sont supprimées par la loi du 31 décembre 1950. Dans le ressort de la Cour d'appel de Montpellier, les cours de justice siègent du 21 septembre 1944 au 1er juillet 1948.

La plupart des survivants des cours martiales ont été par la suite rejugés par la Cour de justice.

Parallèlement, l'ordonnance du gouvernement provisoire de la République française du 26 août 1944 institue les chambres civiques qui jugent les délits mineurs de la collaboration et ne prononcent pas de condamnation à mort.

Les chambres de révision sont instituées par l'ordonnance du 6 juillet 1943, complétée par les ordonnances des 5 décembre1944 et 9 août 1944, auprès de chaque cour d'appel afin de réviser les décisions prises par les juridictions du gouvernement de Vichy (hors droit commun) : "les citoyens ayant exposé leur liberté, leur vie et leurs biens par des actes utiles à la cause de la libération de la France méritent que la légitimité de ces actes soit affirmée et que justice soit rendue à leurs auteurs injustement condamnés." Les décisions sont uniquement annulées ou confirmées.

Le fonds des cours martiales est constitué essentiellement des dossiers de procédure. Procédures sommaires, les dossiers, peu volumineux, sont constitués d'une feuille d'audience, le procès-verbal d'audition de l'inculpé, voire d'un ou deux témoins, du jugement, et de l'attestation de décès lorsqu'une condamnation à mort a été prononcée. On y trouve parfois une demande de recours en grâce, mais le plus souvent, ces dossiers ont pu être complétés par une demande de réhabilitation posthume. Ces éléments, faisant intervenir de nouveaux témoignages, sont très intéressants et nous apportent un éclairage différent sur ces affaires et sur l'application de la justice dans ces périodes troublées. Les personnes non condamnées à mort ont, le plus souvent été rejugées ultérieurement par la cour de justice. C'est dans le fonds de cette juridiction que l'on trouvera ces dossiers.

Les fonds de la cour de justice et la chambre civique comprennent les arrêts et les dossiers de procédure concernant les affaires de collaboration. Les arrêts de la cour de justice, très argumentés présentent un résumé très complet des affaires. C'est dans ce fonds que l'on trouvera, notamment, les dossiers des membres de la milice, des journaux l'Eclair et le Petit Méridional.

Ces fonds des juridictions de la Libération se terminent avec les décisions de la chambre de révision et les pourvois en cassation des décisions de la cour de justice et de la chambre civique.

L'intérêt de ces fonds, dans l'ensemble assez complets, n'est plus à démontrer pour ce qui est de l'information qu'ils nous apportent sur cette période.