Avec la mise en place des programmes régionaux d'aménagement du territoire, la France est découpée en 21 régions.

En 1964, sont mis en place des préfets de région à la tête de 21 "circonscriptions d'action régionale" (CAR) assistés des CODER (commissions de développement économique régional) rassemblant l'ensemble des partenaires socio-économiques.

La loi du 5 juillet 1972 dote la région d'une personnalité morale : l'établissement public régional (EPR). Elle vote sur les propositions du préfet de région, qui ensuite, exécute les décisions. Le conseil régional n'a qu'un rôle consultatif.

Mais la loi de décentralisation du 2 mars 1982 donne naissance à une collectivité locale de plein exercice, le conseil régional qui se voit accorder des compétences propres.

Toutefois l'action de l'Etat dans la région se maintient et le préfet de région est le garant de sa cohérence. Cette mission régionale est poursuivie par le secrétariat général pour les affaires régionales (SGAR).

Placé sous l'autorité du préfet de région et dirigé par un secrétaire général, le SGAR est une administration de l'Etat en région au service de l'aménagement du territoire et du développement économique et social.

Le SGAR est une administration de mission puisqu'il anime, coordonne et évalue les politiques publiques conduites au nom de l'Etat (aménagement du territoire, économie et emploi, programmes européens, etc.). Il prépare également les stratégies de l'Etat en matière de planification et de développement économique et social (contrat de plan Etat-région, PASER).

C'est aussi une administration de coordination, de programmation, d'études, de gestion et de contrôle. En effet, il coordonne l'action des 22 services de l'Etat en région regroupé en 8 pôles régionaux. Il assure le secrétariat du comité de l'administration régionale (CAR), précédemment appelé conférence administrative régionale, la programmation et la cogestion des crédits de l'Etat et de l'Union européenne en région. Il réalise des études d'aménagement du territoire, des diagnostics territoriaux et évalue les politiques publiques.

Enfin, le SGAR assure également le contrôle des actes administratifs du conseil régional et des établissements publics depuis les lois de décentralisation de 1982 qui ont supprimé la tutelle préfectorale.

En 2016, l'application de la loi relative à la Nouvelle Organisation Territoriale de la République (NOTRe) rend effective la fusion des régions Languedoc-Roussillon et Midi-Pyrénées. La préfecture de région de la nouvelle région Occitanie est désormais localisée à Toulouse.