L'occupation du site remonte à 4000 ans avant Jésus-Christ, comme en témoigne la quarantaine de sites archéologiques recensés sur le territoire.

Sous l'Ancien Régime, la communauté de Mauguio est encore identifiée sous la dénomination médiévale de Melgueil, période pendant laquelle la cité occupe un rôle économique de premier plan, ce, jusqu'au XVe siècle. A partir de 1622, la cité délaisse l'ancienne dénomination pour Mauguio. Le premier château est une motte castrale en bois édifiée vers 960, possession des comtes de Melgueil (anciennement Maguelone).

Cette puissante famille, héritière des comtes de Maguelone, avait mis à profit la décadence de la dynastie carolingienne pour s'attribuer les attributs du pouvoir royal et de ses prérogatives, dont celle de battre monnaie. Le denier melgorien, apparu entre 949-963, a circulé dans toute la Méditerranée, et a fait la renommée du comté. Il a été l'une des principales monnaies en cours dans le Midi de la France jusqu'au XIVe siècle. Rendus riches et puissants grâce au commerce avec l'orient à partir du port relié à la méditerranée par l'étang de Hort et à la large circulation du melgorien, les comtes abandonnent leur château de bois pour construire un château de pierre en contrebas, au XIIe siècle. Mauguio est ainsi resté plusieurs siècles durant le chef lieu du comté. En 985, le comte Bernard de Melgueil passe un acte avec le chevalier Guilhem lui concédant un manse de terre sur lequel il fondera la future ville de Montpellier.

Le village devient un véritable fief protestant au cours des guerres de religion de 1560 jusqu'à 1685, date de la Révocation de l'Edit de Nantes. Les épaisses murailles crénelées de la ville ne résisteront pas aux assauts de l'armée de Louis XIII. Celle-ci mettra la ville à sac et détruit les remparts. Le départ des protestants marque alors le déclin de la ville.

Au début du XXe siècle, Mauguio amorce un nouvel essor grâce à la viticulture et à l'arrivée de la main d'œuvre espagnole donnant au village sa particularité hispanique.

La communauté a six paroisses : deux dans l'enceinte et quatre champêtres. En 1782, un décret réunit les deux premières cures, Notre-Dame et Saint-Jacques, qui étaient à la présentation de l'évêque de Montpellier. Les autres paroisses annexes étaient Saint-Barthélémy de Leyrargues (présentateur : chapelain de la chapelle du Palais à Montpellier), Saint-Marcel (présentateur : chanoine hebdomadaire du chapitre cathédral de Montpellier) et Saint-Aunès-d'Auroux (Saint-Agnès, présentateur : chapitre de la Sainte-Trinité). Bien que citées en 1790, Leyrargues, Saint-Marcel et Saint-Aunès ne sont pas érigées en commune.

La ville s'est d'abord organisée de façon circulaire autour de sa motte féodale. A partir de la seconde moitié du XVIIIe siècle, les limites du territoire subirent des évolutions. Le 7 novembre 1849, Mauguio perd une portion de section réunie à la commune de Baillargues ; la limite est alors fixée entre les communes de Mauguio, Baillargues et Mudaison (bulletin des Lois, 1849, IV-932). Le 29 janvier 1850, Mauguio perd le territoire du hameau de Palavas, dit "Les cabanes", qui, avec ceux distraits des communes de Lattes, Pérols et Villeneuve-lès-Maguelone, formera la nouvelle commune de Palavas (bulletin des Lois, 1850, V-75). Le 22 mars 1873, Mauguio perd le territoire de la section de Saint-Aunès érigée en commune distincte (bulletin des Lois, 1873, VII-3). Enfin, en 1974, Mauguio perd un territoire érigé en commune sous le nom de La Grande Motte.

AMBLARD Louis. Occupation du sol entre le Lez et Vidourle, 1. In : Congrès national des sociétés savantes, 110e, Montpellier 1985, Archéologie et histoire de l'art, pp. 139-160 (Réseau des médiathèques Montpellier Méditerranée Métropole)

ANDRE Joël, CHABAL Lucie. Habitat et environnement autour de l'étang de l'Or au premier millénaire : approches pluridisciplinaires. In : Revue archéologique de Narbonnaise 1997, tome 30 ; pp. 5-121 (Archives départementales de l'Hérault, coté PAR 1336)

BEARD Anne, ORAIN Henri-Louis. La réforme à Mauguio (Hérault) de 1560 à 1685. In : Cercle généalogique de Languedoc : bulletin 2008, n° 119, 2ème trimestre ; pp. 39-49 (Archives départementales de l'Hérault, coté PAR 1322)

CANABATE Christelle. Raconte-moi les rues de Mauguio. Mauguio : Mairie de Mauguio, 2001. 115 p. (Réseau des médiathèques Montpellier Méditerranée Métropole, coté LE13029)

CERCLE ARCHEOLOGIQUE MELGORIEN. Raconte-moi...les Cabanes du Salaison. Mauguio : éd. CAM, 1997. 72 p. (Réseau des médiathèques Montpellier Méditerranée Métropole, coté LEM1022)

CERCLE ARCHEOLOGIQUE MELGORIEN. Les mas autour de Mauguio.- Mauguio : Cercle archéologique melgorien, 2006.- 52 p. (Archives départementales de l'Hérault, coté BRA 5614)

DUFOUR Léopoldine. Raconte-moi : Carnon.- Mauguio : Mairie de Mauguio Carnon, [1995].- 68 p. (Archives départementales de l'Hérault, coté BRA 9642)

GERMAIN Alexandre Charles. Chronique inédite de Mauguio. In : Mémoires de la Société archéologique de Montpellier 1881 tome 7 pp. 1-100 (Archives départementales de l'Hérault, coté PAR 1334)

GERMAIN Alexandre Charles. Géographie historique du comté de Melgueil et de la seigneurie de Montpellier. In : Bulletin de la Société Languedocienne de Géographie 1882 tome V ; pp. 321-344 (Archives départementales de l'Hérault, coté PAR 1342)

HERNANDEZ Estrella. Réflexions sur l'immigration : les espagnols de Mauguio.- [S.l. : s.n.], 1995.- 99 p. (Archives départementales de l'Hérault, coté TAR 818)

HISTOIRE ET ARCHEOLOGIE DU PAYS LUNELLOIS ET MELGORIEN. Autour de l'étang de l'or : recherches sur les cantons de Lunel et Mauguio (Hérault) : bulletin de liaison et bilan des travaux.- Lunel Viel : Atelier municipal d'archéologie, 1991.- 98 p. (Archives départementales de l'Hérault, coté BRA 3536)

JEANJEAN Octave. Mon Mauguio oublié. Mauguio : Mairie de Mauguio, 1994. - 100 p. (Réseau des médiathèques Montpellier Méditerranée Métropole, coté LE7064)

RAYNAUD Claude, FAVORY François, RINALDI Roberto. Autour de l'étang de l'Or. In : Archéologie en Languedoc 1993 n° 17 ; pp. 87-125 (Archives départementales de l'Hérault, coté PAR 3712)

RAYNAUD Claude. Du Vidourle à l'étang de l'Or : Une histoire du Lunellois. - Archéologie et Histoire du pays de Lunel et Mauguio, 2012.- 198 p. (Archives départementales de l'Hérault, coté BIB 6208)

VERGNES Alphonse. Histoire de la commune de Mauguio racontée à ses enfants.- Montpellier : Roumégous et Déhan, 1914.- 85 p. (Archives départementales de l'Hérault, coté CRC 821)